Великий святитель Московский Филипп происходил из знатного и древнего боярского рода Колычевых, вышедшего из Пруссии в XIII веке.
Отец святого Филиппа, боярин Стефан Иоаннович, был важным сановником при дворе великого князя Василия Иоанновича (1505—1533) и пользовался его расположением и любовью. Не ослепляясь, однако, высоким саном, он отличался редкими душевными качествами: праведностью, мужеством и милосердием.
И супруга его Варвара, впоследствии принявшая иноческий сан с именем Варсонофии, была женщиной набожной и благочестивой. В своей жизни супруги Колычевы старались осуществить заповедь Господа о любви к ближним, а потому двери их дома всегда были открыты для братии Христовой — нищих, сирых и недужных.
11 февраля 1507 года у них родился первенец, которого они назвали Феодором, — будущий митрополит Филипп.