Спасо-Влахернский женский монастырь был основан в 1861 году стараниями и попечениями Анны Гавриловны Головиной в ее деденевском имении, в честь почитаемой в роду Головиных Влахернской иконы Божией Матери. Ходатайствовал об открытии монастыря перед Московской Епархией Митрополит Московский и Коломенский святитель Филарет (Дроздов).

Первая настоятельница Спасо-Влахернского женского монастыря – игуменья Серафима была назначена из Дивеевской обители. 

Деденевская обитель успешно развивалась и благоустраивалась. В 1913 году в монастыре подвизалось около 300 насельниц.

После революции 1917 года в монастыре было проведено изъятие церковных ценностей, а в 1922 году обитель вынужденно была преобразована во Влахернскую трудовую сельхозартель. Однако в 1928 году была закрыта с формулировкой «лжеколхоз». Влахернскую артель закрыли. Монахинь выселили. Спасский собор был частично взорван, колокола отправили на переплавку. Храм Великомученика Димитрия Солунского сгорел. Началось запустение.

Возрождение обители началось с создания в 1990 году Влахернской православной общины, и уже в конце 2000 года по благословению Митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия в пока еще разрушенной обители появились первые насельницы.

 В настоящее время восстановлены и освящены храмы монастыря, а 31 января 2015 года вернулась в обитель и главная святыня обители – чудотворная Икона Божией Матери «Влахернская».

В 2001 году было совершено обретение честных мощей насельницы монастыря – преподобноисповедницы Параскевы (Матиешиной).

Сегодня рака с мощами преподобноисповедницы Параскевы находятся в Дмитриевском храме монастыря.

Матушка Параскева была духовной дочерью епископа Дмитровского Серафима (Звездинского). В 1931 году она была арестована и отправлена в ссылку в Казахстан. Арестовали ее за веру, но в гонениях ее вера только укрепилась. Претерпев болезни и лишения, она до конца дней старалась помогать людям.

Находясь в Спасо-Влахернском женском монастыре, матушка Параскева (Матиешина) очень сблизилась со схимонахиней Рафаилой (в миру Мария Архиповна Вишнякова), считая ее своей духовной матерью. Схимонахиня Рафаила поступила во Влахернскую обитель в 1918 году. Когда Спасо-Влахернский женский монастырь закрыли, схимой матушки Рафаилы стал подвиг странничества. В 1938 году ее арестовали, позже она была расстреляна на Бутовском полигоне. Схимонахиня Рафаила причислена к лику святых Новомучеников Российских в 2002 году.

Последний священник обители – отец Николай Крылов также был канонизирован в 2000 году в лике Новомученников Российских. Свое служение он начал диаконом в 1909 году. В 1925 году епископ Серафим (Звездинский) рукоположил его во священника Спасской церкви монастыря. Это было самое время гонений на церковь.

 Когда были репрессированы некоторые монахини монастыря (точных сведений об их именах нет), отец Николай не оставлял их, писал им письма и как мог, поддерживал. Молился обо всех, кто к нему обращался. В 1936 году арестовали и его самого, прямо во время богослужения. На допросе он не выдал имена монахинь, которые скрывались по деревням. Был сослан в Казахстан, в Карагандинский лагерь, где погиб в 1941 году.

С момента основания Спасо-Влахернского женского монастыря и повторного открытия его, здесь постоянно проводились работы по его обустройству, строительству новых зданий и храмов, не прекращаются восстановительные работы и по сей день. Основная доля забот по обеспечению духовного и материального существования монастыря, возложена была на его настоятельниц – с Божией помощью и поддержкой добрых людей, каждая внесла свой деятельный вклад в развитие, процветание и возрождение монастыря.